import os
import shutil

def copy_last_file(source_base_dir, target_base_dir, modality):
    # 確保目標目錄存在
    os.makedirs(target_base_dir, exist_ok=True)
    
    # 按照病患資料夾名稱進行排序
    for patient_dir in sorted(os.listdir(source_base_dir)):
        patient_path = os.path.join(source_base_dir, patient_dir)
        if os.path.isdir(patient_path):
            # 按照日期資料夾名稱進行排序
            date_dirs = sorted(os.listdir(patient_path))
            for date_dir in date_dirs:
                date_path = os.path.join(patient_path, date_dir)
                if os.path.isdir(date_path):
                    files = os.listdir(date_path)
                    
                    # 篩選出 .nii.gz 和 .warp.nii.gz 檔案
                    nii_files = [f for f in files if f.endswith('.nii.gz')]
                    warp_files = [f for f in files if f.endswith('.warp.nii.gz')]
                    
                    # 先選擇最後一個 .warp.nii.gz 檔案，如果沒有則選擇 .nii.gz 檔案
                    if warp_files:
                        warp_files.sort()
                        last_file = warp_files[-1]  # 選擇最後一個 .warp.nii.gz 檔案
                    elif nii_files:
                        nii_files.sort()
                        last_file = nii_files[-1]  # 選擇最後一個 .nii.gz 檔案
                    else:
                        print(f"No valid .nii.gz or .warp.nii.gz files found in {date_path}")
                        continue
                    
                    last_file_path = os.path.join(date_path, last_file)
                    
                    # 根據模態重新命名文件
                    new_file_name = f"{modality}_{patient_dir}.nii.gz"
                    target_file_path = os.path.join(target_base_dir, new_file_name)
                    
                    # 複製文件到目標目錄
                    shutil.copy2(last_file_path, target_file_path)
                    print(f"Copied: {last_file_path} to {target_file_path}")

# T1C 模態的處理
source_base_dir_t1c = '/home/onlylian/sorted_modality_files/T1C'
target_base_dir_t1c = '/home/onlylian/T1C_image_folder'
copy_last_file(source_base_dir_t1c, target_base_dir_t1c, 'T1C')

# CT+CTC 模態的處理
source_base_dir_ctctc = '/home/onlylian/sorted_modality_files/CT+CTC'
target_base_dir_ctctc = '/home/onlylian/CT+CTC_image_folder'
copy_last_file(source_base_dir_ctctc, target_base_dir_ctctc, 'CT+CTC')