import os
import shutil

def copy_last_file(source_base_dir, target_base_dir, modality):
    # 確保目標目錄存在
    os.makedirs(target_base_dir, exist_ok=True)
    
    # 按照病患資料夾名稱進行排序
    for patient_dir in sorted(os.listdir(source_base_dir)):
        patient_path = os.path.join(source_base_dir, patient_dir)
        if os.path.isdir(patient_path):
            # 按照日期資料夾名稱進行排序
            date_dirs = sorted(os.listdir(patient_path))
            for date_dir in date_dirs:
                date_path = os.path.join(patient_path, date_dir)
                if os.path.isdir(date_path):
                    files = os.listdir(date_path)
                    
                    # 篩選出 .nii.gz 和 .warp.nii.gz 檔案
                    nii_files = [f for f in files if f.endswith('.nii.gz')]
                    warp_files = [f for f in files if f.endswith('.warp.nii.gz')]
                    
                    # 先選擇最後一個 .warp.nii.gz 檔案，如果沒有則選擇 .nii.gz 檔案
                    if warp_files:
                        warp_files.sort()
                        last_file = warp_files[-1]  # 選擇最後一個 .warp.nii.gz 檔案
                    elif nii_files:
                        nii_files.sort()
                        last_file = nii_files[-1]  # 選擇最後一個 .nii.gz 檔案
                    else:
                        print(f"No valid .nii.gz or .warp.nii.gz files found in {date_path}")
                        continue
                    
                    last_file_path = os.path.join(date_path, last_file)
                    
                    # 根據模態重新命名文件
                    new_file_name = f"{modality}_{patient_dir}.nii.gz"
                    target_file_path = os.path.join(target_base_dir, new_file_name)
                    
                    # 複製文件到目標目錄
                    shutil.copy2(last_file_path, target_file_path)
                    print(f"Copied: {last_file_path} to {target_file_path}")

# T1C 模態的處理
source_base_dir_t1c = '/mnt/1218/onlylian/sorted_modality_files_test/T1'
target_base_dir_t1c = '/mnt/1218/onlylian/T1_image_folder_test'
copy_last_file(source_base_dir_t1c, target_base_dir_t1c, 'T1')



# import os
# import shutil

# def copy_last_file(source_base_dir, target_base_dir, modality):
#     # 確保目標目錄存在
#     os.makedirs(target_base_dir, exist_ok=True)
    
#     # 按照病患資料夾名稱進行排序
#     for patient_dir in sorted(os.listdir(source_base_dir)):
#         patient_path = os.path.join(source_base_dir, patient_dir)
#         if os.path.isdir(patient_path):
#             # 按照日期資料夾名稱進行排序
#             date_dirs = sorted(os.listdir(patient_path))
#             if date_dirs:  # 確保有日期資料夾
#                 # 取最新的日期資料夾
#                 latest_date_dir = date_dirs[-1]
#                 date_path = os.path.join(patient_path, latest_date_dir)
                
#                 if os.path.isdir(date_path):
#                     # 獲取該資料夾中的所有檔案
#                     files = [f for f in os.listdir(date_path) if f.endswith('.nii.gz')]
                    
#                     if files:  # 如果有符合條件的檔案
#                         # 按名稱排序並取最後一個檔案
#                         files.sort()
#                         last_file = files[-1]
                        
#                         # 構建完整的檔案路徑
#                         last_file_path = os.path.join(date_path, last_file)
                        
#                         # 根據模態重新命名檔案
#                         new_file_name = f"{modality}_{patient_dir}.nii.gz"
#                         target_file_path = os.path.join(target_base_dir, new_file_name)
                        
#                         # 複製檔案到目標目錄
#                         shutil.copy2(last_file_path, target_file_path)
#                         print(f"Copied: {last_file_path} to {target_file_path}")
#                     else:
#                         print(f"No .nii.gz files found in {date_path}")

# # 設定實際的路徑
# source_base_dir = '/mnt/1218/onlylian/sorted_modality_files_test/T1C'  # 更新為您的實際T1C檔案路徑
# target_base_dir = '/mnt/1218/onlylian/T1C_image_folder_test'  # 更新為您想要的輸出路徑

# # 執行檔案複製
# copy_last_file(source_base_dir, target_base_dir, 'T1C')